W ramach Instytutu Psychologii Stosowanej funkcjonuje siedem zakładów, które tworzą  psychologowie, psychoterapeuci, eksperci oraz naukowcy prowadzący  badania w danym obszarze psychologii.

• Zakład Komunikacji Społecznej i Badań Podstawowych
• Zakład Neurobiologii i Neuropsychologii
• Zakład Neurokognitywistyki i Neuroergonomii
• Zakład Psychologii Pracy i Organizacji
• Zakład Psychologii Rozwoju i Zdrowia
• Zakład Interwencji Kryzysowej i Psychoterapii
• Zakład Psychologii Sądowej i Kryminologii

Instytut Psychologii Stosowanej dysponuje infrastrukturą badawczą zorganizowaną w ramach:

• Pracowni Badań Psychofizjologicznych
• Pracowni gęstego zapisu EEG
• Pracowni Okulograficznej
• Psychologii Transportu
• Laboratorium Testów Psychologicznych

Pracownicy naukowi realizują również swoje badania naukowe z zastosowaniem rezonansu magnetycznego, w ramach porozumienia z Centrum Badań Mózgu.

Studenci, pod opieką merytoryczna pracowników Instytut Psychologii Stosowanej mogą uczestniczyć w realizacji projektów badawczych.